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第1章　核糖核酸调节子概述1

1.1 引言1

1.2 核糖核酸的特性1

1.3 编码和非编码转录物2

1.4 RNA调节子的功能4

1.5 展望7

参考文献9

第2章 内含子和非编码RNA：真核生物复杂性的隐含层12

2.1 引言12

2.2 非编码RNA代表了哺乳动物及几乎所有复杂生物基因组的主要产物14

2.3 内含子和ncRNA是否代表了基因表达的第二个层次15

2.4 内含子17

2.5 非编码RNA18

2.6 非编码RNA的起源和命名法21

2.7 “基因”的新定义——一个具有顺式作用调节元件的转录集合22

2.8 涉及RNA的复杂遗传现象23

2.9 RNA结合和信号转导蛋白24

2.10 ncRNA的可能功能24

2.11 一个新的遗传学25

参考文献27

第3章 基于计算发现非编码RNA36

3.0 摘要36

3.1 引言36

3.2 蛋白质编码基因和ncRNA基因的发现38

3.3 用户定制的ncRNA基因发现程序39

3.4 可重新配置的ncRNA基因发现程序41

3.5 从头开始的ncRNA基因发现——在没有序列或结构先验知识的情况下寻找基因44

3.6 ncRNA基因预测程序的现状与展望48

致谢49

参考文献49

第4章　Xist RNA与染色质结合并导致基因沉默53

4.0 摘要53

4.1 引言54

4.2　Xist基因55

4.3 胚胎中Xist介导基因沉默的起始57

4.4 Xist表达的调控——计数和选择X染色体60

4.5　Xist发挥功能的机制62

4.6 一种Xist功能模型65

4.7　关于进化的思考66

4.8 结语67

参考文献68

第5章　果蝇中的剂量补偿作用：核蛋白体复合物介导的转录上调72

5.1 概述72

5.2 剂量补偿作用的不同机制73

5.3 剂量补偿作用的基本原则73

5.4 通过染色质修饰的雄性特异的高转录73

5.5 雄性特异剂量补偿实现依赖于性别致死抑制子的缺失74

5.6 DCC的组成75

5.7 roX RNA是染色质进入位点77

5.8　DCC的有序组装78

5.9 MSL蛋白的特殊功能以及它们之间的相互作用80

5.10 roX RNA是剂量补偿所必需的81

5.11　模型和展望82

参考文献84

第6章 H19印迹RNA的结构、调节和功能88

6.0 摘要88

6.1 引言88

6.2 调节性RNA89

6.3 H19的印迹91

6.4 H19的组织特异性表达93

6.5 H19的保守序列95

6.6 H19与生长控制97

6.7 H19 RNA是否有功能？97

参考文献99

第7章　microRNA104

7.0　摘要104

7.1 引言104

7.2 miRNA的发现和分离105

7.3 miRNA的特征110

7.4 lin-4的作用机制113

7.5 参与miRNA产生与功能的蛋白质116

7.6 寻找miRNA的靶位点118

7.7 人工miRNA118

7.8 结语119

参考文献120

第8章　siRNA和miRNA：微小，但是强大124

8.0 摘要124

8.1 micoRNA125

8.2 小干扰RNA128

8.3 siRNA引发RNAi的应用131

参考文献132

第9章　植物中的转录后基因沉默138

9.0 摘要138

9.1 引言138

9.2 多条途径产生双链RNA起始植物PTGS139

9.3 从dsRNA到RNA降解途径的沉默模型143

9.4 PTGS在植物中的作用146

9.5 结论148

参考文献148

第10章 RNA指导的DNA甲基化及染色质修饰151

10.0 摘要151

10.1 引言151

10.2 同源依赖的基因沉默152

10.3 RNA指导的DNA甲基化（RdDM）现象的发现及其特征154

10.4　RdDM的分子机制155

10.5 RNA指导的染色质修饰162

10.6 RNA沉默的进化机制164

10.7 展望166

致谢166

参考文献166

第11章　脑特异的非信使RNA171

11.0　摘要171

11.1 引言171

11.2 脑内的大分子nmRNA172

11.3 脑内的snmRNA172

11.4 展望177

致谢178

参考文献178

第12章　snoRNA世界的新领域183

12.0 摘要183

12.1 引言183

12.2 修饰指导snoRNA的两大家族184

12.3 snoRNP的生成187

12.4 指导snRNA修饰的新snoRNA190

12.5 寻找RNA靶点时发现的孤儿snoRNA191

12.6 脑特异的印迹snoRNA193

12.7 修饰指导snoRNA的古菌同源物195

12.8 古菌tRNA同样是靶点196

12.9 结语198

致谢199

补充证据199

参考文献199

第13章 植物细胞中非编码RNA或短可读框编码RNA研究的新进展206

13.0 摘要206

13.1 存在于植物和动物中没有长ORF的mRNA207

13.2 仅含有sORF的mRNA参与植物的生长和发育209

13.3 作用的可能机制212

13.4 展望：小调控RNA和sORF编码的寡肽作为新基因表达调控子214

参考文献214

第14章 发育活化和应激诱导的非编码黑腹果蝇hsrω基因整合其他核转录物的翻译后加工217

14.0 摘要217

14.1 引言218

14.2 果蝇中93D或hsrω基因表现出独特和保守的可诱导性，但显然不产生蛋白质218

14.3 果蝇中hsrω基因具有独特的保守结构，却很少有碱基序列保守221

14.4 hsrω基因产生多个非编码转录物222

14.5 hsrω基因在发育过程中广泛表达223

14.6 hsrω基因启动子区是复合体223

14.7 尽管是非编码转录物，hsrω是有功能的224

14.8 hsrω转录物的功能226

14.9　未来展望230

致谢231

参考文献231

第15章　adapt基因的RNA转录物作为核糖核酸调节子237

15.0 摘要237

15.1 背景237

15.2 adapt15和adapt33的鉴定238

15.3 adapt15和adapt33的作用机制243

15.4 结语245

参考文献246

第16章 显性非编码微卫星扩展紊乱中RNA的致病机制248

16.0 摘要248

16.1 引言248

16.2 Ⅰ型肌强直性营养不良：基因的发现和致病模型的提出249

16.3　8型脊髓小脑共济失调251

16.4 10型脊髓小脑共济失调252

16.5 DM1、SCA8和SCA10之间临床和分子上的差别252

16.6 Ⅱ型肌强直性营养不良253

16.7 肌强直性营养不良中RNA的致病机制254

16.8　其他非编码扩展失调255

16.9 总结256

参考文献257

第17章 由细菌染色体编码的非编码RNA261

17.0 摘要261

17.1 概述261

17.2 引言262

17.3 持家sRNA263

17.4 调控的反义RNA进入两种境地265

17.5 反式编码的反义RNA MicF是一个应激反应的调控因子265

17.6 sRNA可以调控多个基因266

17.7 一个调控RNA——两个（或多个）靶RNA268

17.8 多个RNA作用于同一个靶269

17.9 sRNA的另一个作用：破坏同一个操纵子下的基因协调表达270

17.10 某些sRNA需要辅助蛋白271

17.11 例外（？）：E.coli染色体顺式编码反义RNA272

17.12 通过sRNA和蛋白质间相互作用调控基因表达272

17.13　sRNA的结构273

17.14 细胞中稳定或不稳定？274

17.15　初级或加工后转录本274

17.16 新sRNA的作用是什么？274

17.17 通过什么样的机制发挥作用？275

17.18 有多少个sRNA？275

17.19 结论276

致谢276

参考文献276

第18章 我们数量众多：非编码调节RNA和Hfq280

18.0 摘要280

18.1 非编码RNA280

18.2 非编码RNA在革兰阴性菌中的功能281

18.3 革兰阳性细菌中非编码RNA282

18.4 调节调节子。ncRNA如何被调节？283

18.5 RNA结合蛋白Hfq与ncRNA284

18.6 Hfq的功能如何？284

18.7 Hfq如何与RNA相互作用？286

18.8　结论288

致谢288

参考文献288

中西文对照292

索引298